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Imaris软件培训(生物图像处理系列培训)

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课程介绍

Imaris 是Bitplane 公司出品的软件核心模块,它具备展示,分离,分析及演绎等所有3D/4D显微图像渲染所必须的功能, 具有快速,精准及易于使用的特点,因此对于三/四维多通道图像的渲染, 无论是几兆的小文件,或是几十GB的超大图像,Imaris 都能够轻松胜任。Imaris通过多模块分析来实现复杂的多维度图像分析,常用模块如下: Imaris MeasurementPro 在精细细节层次显现生物学过程和结构是生命科学研究的支柱;以及通过测量进行定量。除了快速, 精确和方便使用的Imaris® 外, Imaris MeasurementPro增加了一套高性能的工具来分析您的多维图像数据。 ImarisTrack 生物学过程分析中一个主要的挑战是去观察对象的瞬间变化。对象检测和对象追踪帮助了这种观察。由于对象有不同大小和尺寸,对象检测(分割),是非常多元化的; 对象追踪需要关联连贯时间点的对象,将其整合成一个单独的移动对象。Imaris提供了既探测又追踪的方法选择,可以对各种的对象属性进行分析和测量。帮助使用者充分掌控其在令人震撼的3D到4D范围内的可视化能力,以及图像编辑和处理功能。 FilamentTracer 丝状结构示踪分析模块可以检测,展示并测量神经元的树突,轴突,树突棘以及微管结构。在自动检测2D,3D和4D丝状结构的研究中,FilamentTracer是最高级的工具;通过FilamentTracer用户可以在一个窗口内对图像进行编辑、处理、分析,并通过Imaris强大的 3D/4D 展示能力得到直观的结果,分析得到理想的距离,体积及光强统计结果,与发育过程中或环境因素刺激下树突和树突棘的长度与体积随时间变化的数据。利用统计结果,用户可进行进一步的分析。 ImarisCell 展示并检测单个细胞间的关系以及细胞间结构。ImarisCell描绘出细胞器及其他细胞组分并以都特的方式展示出细胞结构及细胞功能。 ImarisColoc 获得染色组织成分相对位置的可靠信息是数字化显微镜的首要任务之一。现在,通过引入ImarisColoc,Bitplane帮助使用者方便地在3D和4D图像中,分离,可视并定量共定位区域。结果可表达为在Imaris®中一个新的3D或4D通道,或者作为一个统计报告。再者,只有ImarisColoc能自动进行选择共定位图像区的过程,并得到国际标准的共定位系数。帮助使用者充分掌控其在令人震撼的3D 到4D 范围内的可视化能力,以及图像编辑和处理功能。提供颜色,透明度,视点和灵活的渲染,突出显示感兴趣的共定位区域。 ImarisXT ImarisXT 是一个从Imaris 到经典程序语言和领先的科学程序语言Matlab 的双向接口。通过 ImarisXT, 你可以轻易地将你自己对图像处理、分割、分类和报告的算法整合入Imaris。或者,你也可以在你自己的主应用中将你运行的Imaris 转入一个专门的可视化和互动引擎。 ImarisVantage 作为Imaris家族中最新的成员,ImarisVantage将为您展示更多的图像信息。 ImarisBatch ImarisBatch可批量处理2D,3D及4D的图像,如表面检测和追踪,运算自动进行,不需要用户进行任何操作,极大程度上节省了进行重复分析消耗掉时间。随着荧光显微镜技术的发展,研究人员在显微镜下可得到越来越多的信息,如细胞,细胞亚结构,分子及蛋白等。一张图片中含有的信息越来越丰富,研究者们需要在大量图片上进行重复工作,所以自动化的分析尤为重要。在ImarisBatch中,待分析的图像将按照用户排列的顺序进行处理并输出分析数据及图片结果。 AutoAligner AutoAligner是一款读取一系列的连续切片的图像,通过对每张图像进行平移或旋转,将图像按照顺序自动进行对准的软件,可以应用于光镜切片和电镜切片上,全部操作过程快速实时。校准后的三维图像,可以用Imaris 进行可视化观察及数据分析。

课程大纲

1. 3D Visualization Techniques (Volume Rendering, Slicer View, Clipping Plane) 2. Multi-Image Viewer 3. Object Quantification Using Spots & Data Interpretation Using Vantage 4. Tools for Analyzing Time-Lapse Data (Reference Frame & Drift Correction) 5. Tracking Objects/Dividing Cells using Track, Lineage & Vantage 6. Whole Slide Image Reconstruction Using Voloom 7. Volumetric Estimation Using Surfaces and Vantage 8. Cell Lecture (How to Analyze Intracellular Structures) 9. How to Manage Data and Batch Process (Arena/Data Import/Batch) 10. XT Introduction and Application 11. Automatic and Semi-Automatic Filament Tracing + XT 12. Stitcher & Exercise 13. Intensity (Voxel)/Object Based Colocalization Lecture 14. Bitplane Continuing Education/Open/Support Resources

学习目标

请用边看便操作形式,将Imaris软件所有常见功能演示操作一遍。

学习要求

请用边看便操作形式,将Imaris软件所有常见功能演示操作一遍。